《乌龙院之活宝传奇》动画片第二季延续功夫喜剧的特点， 讲述师徒四人在寻宝救世的冒险旅途中领悟到信心和快乐才是真正的力量，展现了东方智慧和见义勇为的精神。故事主要讲述在神奇的“活宝”惊现江湖后，师徒四人在寻找到活宝的四个部分后，为了找到最后的活宝之首，乌龙院师徒登上了极乐岛。
　　在极乐岛上，众人遇见了失踪多年的艾飞父亲——艾迪生，在他的帮助下，从岛上的猴群手中找到了活宝之首。几经周折，众人在药王庄找到了奄奄一息的艾飞将其救活，右活宝也终于被拼接完整。失散千年的左右两个活宝在此重逢，师徒四人见任务圆满完成便启程返回乌龙院。
　　不料老沙客为提炼活宝原力，将左和右活宝都迷晕抓走。在提炼原力的中途却发生意外，80%活宝原力被其长子沙客季获得。沙客季妄图补全活宝原力，按照祖传秘法抓来极阳之人——乌龙院大师兄，不料活宝原力又意外的转移到了大师兄身上。
　　乌龙院大师父发现活宝之事并未平息，担心活宝强大的力量落入坏人之手，于是又展开了调查。通过线索众人一直找到庞贵人的密室，发现了沙客家族炼丹宗师沙客一的画像，并被带入一条密道。
　　原来密道是通往恒王地宫的，在地宫里众人遇到为了获得完整原力而来寻找麒麟胆的大师兄，可当麒麟胆现世时，却吸走了大师兄身上的活宝原力。原来所有一切都是死于千年前的沙客一设的局，他引来活宝原力是为了使自己复活，并妄图统治天下。
　　众人不敌复活的沙客一，沙客一利用活宝原力和炼丹术，控制着魔仆压榨百姓、炼造了大批如同真人的魔俑，天下江湖危在旦夕。为了阻止他的邪恶阴谋，众人齐聚铁堡，计划派出铁金刚二代和魔军抗衡。大战来临前，铁堡意外失火，铁金刚被烧坏，而此时却传来魔俑大军即将烧制完成的消息。重要关头，大师兄决定带队前往石头城，捣毁魔窑，双方大战将一触即发。

女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。　　问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。

　　皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。
　　在此之后，他成为一名灵界侦探，专门负责各种奇异的犯罪事件。在一次任务中，幽助又结识了化名南野秀一的妖狐藏马和盗贼飞影。所谓不打不相识，幽助、桑原、藏马、飞影成为共同进退的搭档。他们一同参加了云集强大妖怪的暗黑武术大会，与恐怖的户愚吕兄弟一决胜负。以此为肇始，此后他们与魔界的纠葛越来越深，战斗愈加激烈……