故事接着《C 侦探》展开。阿探（郭富城 饰）的破案能力得到了充分证明，好友风泽（廖启智 饰）也倍感风光，但风泽却在警局内仍不得志，被调到以争功闻名的卢长官（谭耀文 饰）手下。风泽调任不久，辖区内便发生连环凶案，先后四名死者互无关联，且凶手同样在现场留下了颇为刻意的线索。阿探协助风泽，在卢长官的白眼下提出了凶手的多种可能，最后初步锁定凶手为一名精神分裂症患者。在排查期间，嫌疑犯梁伟业（张兆辉 饰）病发劫持人质，阿探施计将其擒获，但遗憾的发现梁并非真凶。不久，阿探被卢警官的手下恐吓，而风泽又被人撞伤，怒不可遏的阿探找到卢警官，却被告知这个嫌疑犯的攻击性超出他的想象……

　　在三联帮有杰出表现的山鸡（陈小春 饰）即将迎娶日本帮派山田组的头目草刈一雄（千叶真一 饰）的女儿菜菜子（安雅 饰）。身为好友的陈浩南（郑伊健 饰）及一众香港的黑帮头目也到日本出席了山鸡的婚礼。
　　三联帮帮主的儿子雷复轰是个有能之士，对父亲的帮派事业毫无兴趣。山鸡成了他心中继承位置的最佳人选，却遭到了同是帮内头目的忠勇伯的反对，他决意要与山鸡争取帮主的地位。两人明争暗斗，忠勇伯这时被袭击了，他认定山鸡指使了人攻击他。俩人再次因为有关政府的方案而互相对立，帮派内讧。
　　山鸡除了事业上的不如意，妻子菜菜子更被父亲手下强奸了。山鸡正处在水深火热之中，陈浩南前往台湾助山鸡一臂之力，雷复轰却为了帮内团结要把让忠勇伯当帮主。忠勇伯竟在这个时候被杀了，山鸡再次被嫌疑……

　　屡破奇案的重案组高级督察方正（许志安）眼里，庆功会上纷纷邀功的其他部门同事多是平庸之辈，多起案件能侦破全靠自己和手下兄弟阿泽（雷宇扬）等人拼命，因此他的言行多少有些独断高傲。某次缉匪行动中，他等不及飞虎队自行下达命令，两名同事毙命街头，他自己也中枪昏迷，在医院一躺两年。
　　醒来母亲已过世、女友已成他人妻，身边世界已大不同，但方正也意外收获在他昏迷时一直悉心将他照料的女护士Oscar（李丽珍）的芳心。恢复训练持续一段时间，方正各方面已与昏迷前几乎无差，更多出可见到鬼的本领。此本领起初令他恐慌，不过生前是心理医生的阿杰（张达明）一席话让他放下心来。
　　回到警队后方正主动请命，接手一宗两年来无法破解的连环女护士奸杀案。两年内，已有六名女护士被奸杀，且多数死不见尸，该案能立是因其中之一自己赶到警察局向阿泽报案。方正冷静头脑，认定凶犯是一名智商极高的男性，且非常熟悉警方的破案手法。案情渐有眉目之时，方正被阿杰告知Oscar的生命磁场越来越弱，她可能是凶犯的下一个目标。