暴风雨之夜，小羊羊咩（成宫宽贵 配音）和野狼卡滋（中村狮童 配音）意外的躲进了一间小木屋避雨。在漆黑的房间里，羊咩和卡滋看不清彼此，交谈甚欢并约好第二天一起午餐。相约见面时，羊咩和卡滋发现了彼此的身份，面对羊咩的天然和善良，卡滋强忍着把羊咩吃拆入腹的冲动，在羊咩面前努力做只好狼，二者迅速成为好朋友。
　　羊咩和卡滋成为好友的事被羊群和狼群发现。羊咩被族长赋予任务去探听狼群的消息才能重归羊群；而卡滋这边，狼族给了卡滋“将功赎罪”的机会去羊咩那探听羊群的消息。身怀心事的羊咩和卡滋再次相约河边见面。突如其来的暴雨和卡滋的相救让二者发现无法去欺瞒对方，相约跳入洪流中的羊咩和卡滋劫后余生，没有退路的他们决定翻阅雪山，前往能让狼和羊能和平共处的翡翠森林。在前往的路上遭遇了狼族的围追，他们能否成功翻越雪山躲过狼群，卡滋又能否克服吃羊的天性，一起到达梦想的翡翠森林呢？

故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。
　　美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。可是，美加子终于杳无音信了。
　　8年后，小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了：“24岁的小昇你好，我是15岁的美加子哦！……”手机屏幕上映出这样的话来。

　“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。
　　永井圭（宫野真守 配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠 配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。
　　全新的冒险就此展开…

《宝可梦：皮卡丘和可可的冒险》是陪伴中国观众多年的《宝可梦》系列第23部剧场版，讲述森林遭遇危机时，小智、皮卡丘与可可一同挺身而出，为保护森林中的宝可梦而战。除了一贯的可爱的宝可梦形象外，本片还着重刻画了萨戮德与可可之间超越血缘的父子情谊。