康熙五十七年，皇族秋猎，于木兰围场遇暴客行刺，戌卫精兵溃伤，哈达亲王殒命，康熙怒遣皇四子雍亲王（郑少秋饰）南下缉凶。雍亲王爱新觉罗胤禛遂化名傅示真，微服简从南下查案，于石门结识江南名儒之女吕丝丝（梁琤饰），二人协力，铲桐山贼，保振远镖，几番出死入生，患难与共，情愫渐长，相知益深。
　　原木兰山左翼长刘勇，因行刺案遭牵连，身系囹圄，妻小流散。二子改从母姓，曰李卫，李才。卫辗转投至皇十四子大将军王麾下，于西疆屡建战功。才往石门奔东海书院，习文印诗，一心潜学。东海书院山长吕留良，即丝丝父，为士林巨擘，倡兴汉学，拒不仕清，又与反清组织江南八侠素有往来，深为朝廷所忌。
　　胤禛欲以康熙南巡发赈为饵，巧计拿敌。不意双方对峙少林之际，意外发现江南八侠之一虞慧儿，竟是十多年前落水失踪的十七格格，康熙望女得归，大喜，封为佛抱。
　　为保佛抱格格顺利入宫，胤禛托请丝丝傍随照料。丝丝遂辞别父亲，北上皇苑，与佛抱格格位，胤禛得总理大臣隆科多襄助，顺利登极，改元雍正。
　　为使胤禛断思，吕家将丝丝许给李才为妻。文定之礼方毕，吕父谢世，丝丝大恸。而雍正君临天下，治风勤严，与丝丝南北乖隔，遥相用忍。
　　李才得丝丝之鼓励，应考取官，一试中的，以状元内封大学士，侍命军机处，深为雍正所重。李卫亦为雍正收买，先后于皇十四子允示题胤祀与川陕总督年羹尧处卧底，雍正元年，胤祀囚景陵，三年，年羹尧遭赐死，李卫得扶摇直晋浙江巡抚。任内，查得石门东海书院有盗窃官粮，私通明遗之嫌，遂迭报军机处，请拿吕家。雍正十年，东海书院满门抄斩，两百馀命葬于乱坟。丝丝李才上京请命未及返回，得存。遭逢巨变，丝丝悲愤无已，誓谋雍正以报血仇。不料三刺未中，反遭雍正所制，二人限期共理朝政，十八个月后维民所止。丝丝遂擢封吕侍读，协助雍正改革赋役，整顿吏治。期限届至，雍正视死如归，丝丝不忍，延期活之。
　　李才丢官之后，游名山大川，写三朝演义，因书中触露宫禁，问罪被刑。丝丝感其情深义重，狱中委身，生子图报。
　　大限有期，天地会内外倾逼；雍正十三年八月廿三子夜，胤禛端坐就戮，丝丝苦剑徊肠，十五年恩仇难泯，牡丹亭生死成谜。
　　弘历即位，改朝乾隆； 二十年，闻说黄山之巅有双神仙侠侣，貌似雍正丝丝，众人登山寻访，却哪见仙踪侠影。正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔，神物会当逢。

　　明熹宗朱由校年少即位，酷爱木工、漆匠之艺，视朝政为畏途，使得太监魏忠贤得以逐步代理政务。
　　魏忠贤为了讨好皇帝，从三万童男中，挑出小木匠巴大家当熹宗皇帝的玩伴。皇帝玩伴理当是个太监，巴大家却阴错阳差的三番两次逃过净身手术。他和皇帝平起平坐惯了，有时忘了我，也跟皇帝称兄道弟起来，皇帝玩得尽兴便没事，要是心情不好，“兄弟”就成了出气筒。
　　巴大家的处世哲学是：混一天算一天，多占点小便宜，偶而吃点亏，一定得讨回，一旦对方来头大，那就君子报仇，三年不晚。
　　这样的巴大家，在东林党、阉党、与白莲教暗地教劲的过程中，因为他与皇帝的亲密关系，竟成了各方人马争相拉拢的对象。只不过，倒向这头，就会得罪那头，既是左右逢源，又是动辄得咎。他满心想的只是如何占便宜、混日子，却老被误以为是争权夺利。他越想走避上层的勾心斗角，却越身不由己的被卷入政争旋涡。
　　只有宫中的内书堂助教袁小玉和张倩，才稍稍了解巴大家。三个人之间发生了微妙的三角恋情，然而，随著时局演变，袁小玉成了白莲教乱党余孽，张倩成了乱党之後，让个巴大家的恋情莫名其妙的就轰轰烈烈起来。爱人既被打成“乱臣贼子”，他不想当烈士也不成了。
　　魏忠贤眼中容不下一粒沙子，他和皇帝的乳母客氏一直揽权，藉消灭异己来坐大自己。杀政敌，掌东厂，灭白莲教，迫害东林党，权势如日中天，他的党羽则行可改名，坐可认贼作父，倍极阿谀。魏忠贤越来越将巴大家视为眼中钉，必去之而後快。
　　巴大家成了通缉要犯，四处亡命，在泗洲目睹了白莲教的灭亡，在无锡见证了东林党人的受害，然而，绕了一圈回京师後，造化弄人，巴大家竟又成为皇帝的救命恩人，以及魏忠贤的政敌太监王体乾的拉拢对象。
　　熹宗皇帝驾崩後，新皇帝思宗小心翼翼的对魏忠贤展开反击。魏忠贤权力被架空，树倒猴孙散，客氏被一群存心报复的宫女箈死，魏忠贤则自缢於充军途中。
　　思宗有意重用巴大家，巴大家见新皇帝身边又围起了一群新的牛鬼蛇神，哪敢沾那腥膻？便与袁小玉相偕离京，迳自当个快活的木匠去了。