阎王宝藏一案之后，梅雨墨继承帝位，白雪晴逃离了京城。几年过去，阳城爆发瘟疫，蔓延至京城，梅雨墨带上佟安出宫微服私访，二人身陷黑店之际，被一日本女孩晴明所救。另一边，白雪晴同秦三川进京调查瘟疫的原因。机缘巧合之下，白雪晴与梅雨墨匆匆相遇......此时皇城深宫中，权倾朝野的六贝勒与仁贵妃似乎又有着不可告人的预谋。风雨欲来，随着帝国主义势力的渗透，大清江山摇摇欲坠......
海昌是我国新兴沿海城市，也是境外间谍组织关注的重点，随着国安局一名侦察员的意外失踪，拉开了一场反谍大战，李厅长（巫刚 饰）责成武梅（刘佳 饰）组成专案组进行调查。一艘渔船在我“探索一号”科考船附近意外打捞起一只奇形怪状的“水母”，深海研究院的总工程师岳诚（李进荣 饰）率众专家对其展开了攻关。境外间谍头目彼得森命令海昌潜伏特务王维韬（王志文 饰）不惜一切代价夺回隐藏在“水母”中的核心机密。经过一番斗智斗勇，狡诈的王维韬最终落入法网，但武梅却发现了隐藏在表面案伴背后更大的阴谋，敌人已将多枚水母投放到我国海域，以窃取我海洋信息，武梅认识到，更大的对手即将出现......
本剧以明朝晚期的“妖书案”、“诅咒案”、“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”等几大疑案为线索，以立储、皇权交替为关键点，讲述了明朝万历、泰昌、天启年间二十年中围绕宫廷的权力斗争，表现出君臣、父子、夫妻、同僚在权力面前交错的党争关系及体现出来的复杂情感，描绘出明朝危在旦夕的 夕阳晚景。 该剧着重暴露了138影视明朝权力交替制度的弊端及吏治腐败、党派斗争、宦官专权、特务横行等一系列政治乱象，批判了黑暗的宫廷斗争，并讽刺了大臣们的愚忠。与此同时，用俯视的角度向观众展现了皇室的家庭生活，及夫妻之间、长幼之间的情感纠葛。 扑朔迷离的疑案、明争暗斗的政局能吸引众多观众，而其中表现出的真实而复杂的人性，更能让人深思。
将军府庶女李楚楚自幼被主母狠狠压制了十几年，遭逢命运剧变时，意外得知亲生母亲的死亡背后另有推手，决定为母报仇，并在此过程中和嫡兄李轸陷入爱恨痴缠，二人在你来我往的深情克制中探寻真相与正义…… 作品改编自作者青灯作品《藏珠》。
